La razón de que un monumento de esta categoría y dimensiones hubiera estado oculto durante siglos, reside en que se halla ubicado en uno de los escasos sectores de la ciudad ocupado de forma ininterrumpida hasta nuestros días. Por esta razón su fisonomía original quedó oculta con el paso del tiempo. Ejemplo de esa ocupación fue la superposición parcial de la Catedral Vieja sobre la parte superior del Teatro Romano; una de las mayores singularidades de este conjunto arqueológico. La recuperación integral del edificio romano ha pasado de ser una simple investigación arqueológica, a convertirse en un motor de regeneración de una de las zonas que estaban más deprimidas de la ciudad. Además, su proximidad a algunos de los edificios más emblemáticos como la Catedral, el Palacio Consistorial, el Castillo medieval y las instalaciones portuarias, lo convierte en uno de los lugares más atractivos y monumentales de Cartagena. El Museo ha surgido para dar respuesta a la necesidad de un espacio museístico en el que reunir a la totalidad de las piezas halladas durante las sucesivas excavaciones. El Museo da pie a incorporar el Palacio de Riquelme y a incardinar la Iglesia de Santa María la Vieja en el conjunto, convirtiendo el Teatro en la última y más notable pieza presentada en el Museo. A través de estos espacios expositivos, iluminados por un complejo sistema de lucernarios, se guiará al visitante desde las partes más bajas de la ciudad hasta el interior del teatro romano.